1994年之后，雖然相當多國有企業進行了公司制改革，名稱上也掛上了“公司”二字，由此，似乎企業債券就是公司債券的代名詞了，但事實上 ，由于國家計委只管政府部門和國有企業的投融資安排，不管非國有企業的類似活動，所以，企業債券自一起步就限制在國有經濟部門內，與眾多的公司數量相比，它所涉及的發債主體比公司債券要窄得多。鑒于1990年代中期，一些地方發生了企業債券到期難以兌付本息的風險，國家計委上收了企業債券的審批權，從而，形成了企業債券由國家計委集中管理審批的格局。這一歷史過程表明了，企業債券并非公司債券。
從分析角度看，企業債券與公司債券的主要區別有幾個方面：
第一，發行主體的差別。公司債券是由股份有限公司或有限責任公司發行的債券，我國2005年《公司法》和《證券法》對此也做了明確規定，因此，非公司制企業不得發行公司債券。企業債券是由中央政府部門所屬機構、國有獨資企業或國有控股企業發行的債券，它對發債主體的限制比公司債券狹窄得多。在我國各類公司的數量有幾百萬家，而國有企業僅有20多萬家。在發達國家中，公司債券的發行屬公司的法定權力范疇，它無需經政府部門審批，只需登記注冊，發行成功與否基本由市場決定;與此不同，各類政府債券的發行則需要經過法定程序由授權機關審核批準。
第二，發債資金用途的差別。公司債券是公司根據經營運作具體需要所發行的債券，它的主要用途包括固定資產投資、技術更新改造、改善公司資金來源的結構、調整公司資產結構、降低公司財務成本、支持公司并購和資產重組等等，因此，只要不違反有關制度規定，發債資金如何使用幾乎完全是發債公司自己的事務，無需政府部門關心和審批。但在我國的企業債券中，發債資金的用途主要限制在固定資產投資和技術革新改造方面，并與政府部門審批的項目直接相聯。
第三，信用基礎的差別。在市場經濟中，發債公司的資產質量、經營狀況、盈利水平和可持續發展能力等是公司債券的信用基礎。由于各家公司的具體情況不盡相同，所以，公司債券的信用級別也相差甚多，與此對應，各家公司的債券價格和發債成本有著明顯差異。雖然，運用擔保機制可以增強公司債券的信用級別，但這一機制不是強制規定的。與此不同，我國的企業債券，不僅通過“國有”機制貫徹了政府信用，而且通過行政強制落實著擔保機制，以至于企業債券的信用級別與其他政府債券大同小異。
第四，管制程序的差別。在市場經濟中，公司債券的發行通常實行登記注冊制，即只要發債公司的登記材料符合法律等制度規定，監管機關無權限制其發債行為。在這種背景下，債券市場監管機關的主要工作集中在審核發債登記材料的合法性、嚴格債券的信用評級、監管發債主體的信息披露和債券市場的活動等方面。但我國企業債券的發行中，發債需經國家發改委報國務院審批，由于擔心國有企業發債引致相關對付風險和社會問題，所以，在申請發債的相關資料中，不僅要求發債企業的債券余額不得超過凈資產的40%，而且要求有銀行予以擔保，以做到防控風險的萬無一失;一旦債券發行，審批部門就不再對發債主體的信用等級、信息披露和市場行為進行監管了。這種“只管生、不管行”的現象，說明了這種管制機制并不符合市場機制的內在要求。
第五，市場功能的差別。在發達國家中，公司債券是各類公司獲得中長期債務性資金的一個主要方式，在上世紀80年代后，又成為推進金融脫媒和利率市場化的一只重要力量。在我國，由于企業債券實際上屬政府債券，它的發行受到行政機制的嚴格控制，不僅明年的發行數額遠低于國債、央行票據和金融債券，也明顯低于股票的融資額，為此，不論在眾多的企業融資中還是在金融市場和金融體系中，它的作用都微乎其微。
